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Dieses Seminar behandelt zentrale Aspekte der modernen Bottom-up-Proteomanalyse mittels Massenspektrometrie mit Schwerpunkt auf bioinformatischen Algorithmen und Datenanalyse.
Nach einer kurzen Einführung in die Massenspektrometrie-basierte Proteomik (Gerätetypen, Dateneigenschaften, Überblick über bioinformatische Herausforderungen) werden wir die großen Eckpfeiler untersuchen, darunter Isotopenmodelle und Averagines, Scoring-Algorithmen zur Identifizierung von Massenspektren, False-Discovery-rate-Schätzung mittels Köderpeptiden, absolute und relative Quantifizierung von Proteinen und Korrelation zwischen mRNA und Proteinexpression.
This seminar will cover central aspects of modern bottom-up proteome analysis by mass spectrometry with a focus on bioinformatic algorithms and data analysis.
After a brief introduction to the field of mass spectrometry-based proteomics (instrument types, data properties, overview of bioinformatics challenges) we will explore the big cornerstones, including isotope models and averagines, scoring algorithms for the identification of mass spectra, false-discovery-rate estimation using decoy peptides, absolute and relative quantification of proteins and correlation between mRNA and protein expression.