In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Das "Praktikum: Algorithmen und Datenstrukturen" (19401330) ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!

Es werden zwei Reviews geschrieben (eine während der Übungszeit, eine während der Vorlesung). In diesen wird das Verständnis der Inhalte der Übungen überprüft.

Um die aktive Teilnahme zu bestehen müssen Sie:

• in den Übungen mindestens einmal vorrechnen
• 75% der Aufgaben erkennbar bearbeitet haben
• In den beiden Reviews insgesamt 50% der Punkte erreichen
• n-3 Tutoriumstermine besuchen

Die Übungszettel werden spätestens Mittwoch vor der relevanten VL Donnerstags hochgeladen.
Die Abgabe ist am darauffolgenden Montag um 12 Uhr online.

Videos und Skripte sind in einem Nextcloud Ordner HIER.

Die Links zu den Tutorien findet ihr hier.

Link zur Vorlesung: https://fu-berlin.webex.com/meet/kreinert

Literatur

Generelle Bücher/Basic reading:

• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 (PDF Version online)
• David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
• Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4