In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Das "Praktikum: Algorithmen und Datenstrukturen" (19401330) ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!

Es werden zwei Reviews geschrieben (eine während der Übungszeit, eine während der Vorlesung). In diesen wird das Verständnis der Inhalte der Übungen überprüft.

Um die aktive Teilnahme zu bestehen müssen Sie:

  • in den Übungen mindestens einmal vorrechnen
  • 75% der Aufgaben erkennbar bearbeitet haben
  • In den beiden Reviews insgesamt 50% der Punkte erreichen
  • n-3 Tutoriumstermine besuchen

Die Übungszettel werden spätestens Mittwoch vor der relevanten VL Donnerstags hochgeladen.
Die Abgabe ist am darauffolgenden Montag um 12 Uhr online.

Videos und Skripte sind in einem Nextcloud Ordner HIER.

Die Links zu den Tutorien findet ihr hier.

Link zur Vorlesung: https://fu-berlin.webex.com/meet/kreinert

Datum   Inhalt 
05.11.  Exaktes String Matching I
12.11.  Exaktes String Matching II
19.11.  Sequenzalignment I
26.11.  Sequenzalignment II
03.12.  Filtering und Alignment Heuristics I (Fasta)
10.12.  Filtering und Alignment Heuristics II (Filter)
17.12.  Filtering und Alignment Heuristics III (Blast)
07.01.  Multiples Alignment I
14.01.  Multiples Alignment II
21.01.  Formale Sprachen I
28.01.  Formale Sprachen II
04.02.  HMMs I
11.02.  Review II
18.02.  HMMs II
25.02.  Klausur:12-14 Uhr, Großer HS A22

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Literatur

Generelle Bücher/Basic reading:

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 (PDF Version online)
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4