In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Das "Praktikum: Algorithmen und Datenstrukturen" (19401330) ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!

Es werden zwei Reviews geschrieben (eine während der Übungszeit, eine während der Vorlesung). In diesen wird das Verständnis der Inhalte der Übungen überprüft.

Um die aktive Teilnahme zu bestehen müssen Sie:

  • mindestens ein Kahoot für Ihr Tutorium erstellen
  • Einmal in der Übung vorrechnen
  • 75% der Aufgaben erkennbar bearbeitet haben
  • In den beiden Reviews insgesamt 50% der Punkte erreichen

 

Die Übungszettel werden spätestens Mittwoch vor der relevanten VL Donnerstags hochgeladen.
Die Abgabe ist am darauffolgenden Montag um 12 Uhr in Zweiergruppen in den Tutorenfächern.

Videos und Skripte von letztem Jahr und diesem sind in einem Nextcloud Ordner HIER.

Datum   Inhalt 
20.10.  Exaktes String Matching I
27.10.  Exaktes String Matching II
03.11.  Sequenzalignment I
10.11.  Sequenzalignment II
17.11  Filtering und Alignment Heuristics I (Fasta)
24.11.  Filtering und Alignment Heuristics II (Filter)
01.12.  Filtering und Alignment Heuristics III (Blast)
08.12  Multiples Alignment I
15.12.  Multiples Alignment II
05.01.  Formale Sprachen I
12.01.  Formale Sprachen II
19.01.  HMMs I
26.01.  Review II
02.02.  HMMs II
09.02.  Buffer/Wiederholung
16.02  Klausur

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Kontakt

Vincent Musch: vincem97@zedat.fu-berlin.de
Marie Gühmann: guehmam99@zedat.fu-berlin.de
Moritz Aubermann: aubermam84@zedat.fu-berlin.de

Literatur

Generelle Bücher/Basic reading:

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 (PDF Version online)
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4