Course details

Faculty

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Semester

LV prefix

194

Type

Name

SAP Name

English name

Capacity

Infinite

CM Registration Procedure

SWS

Course language

Attendance

Compulsory

Responsible lecturer

Executive lecturers

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Lectureship

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Cross-language

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LV-Number & Type

194 021

Name

SAP Name

English name

Capacity

Infinite

CM Registration Procedure

SWS

Attendance

Compulsory

Responsible lecturer

Executive lecturers

Lectureship

Description

<h3>Inhalt</h3>

<p>In diesem Praktikum mit Begleitseminar werden die Techniken des verteilten Rechnens im GRID und der Parallelprogrammierung eingef&uuml;hrt und in Projekten angewandt. In vielen Bereichen der Bioinformatik (und auch anderen angewandten Lebenswissenschaften) sto&szlig;en herk&ouml;mmliche Algorithmen an Ihre Grenzen, wenn die zu verarbeitende Datenmenge eine gewisse Gr&ouml;&szlig;e erreicht. Dies ist sehr oft der Fall, wenn die Daten moderner biologischer Experimente analysiert werden sollen, deren Gr&ouml;&szlig;e sich &uuml;ber die letzten Jahre vervielfacht haben. Ein oft benutzter Ausweg ist das Aufteilen der Datens&auml;tze in mehrere kleine Pakete, die dann auf verschiedenen Rechnern getrennt berechnet werden - solche Rechnernetze werden oft als Cluster oder Grid bezeichnet. Die Ergebnisse f&uuml;gt man dann in einem abschlie&szlig;enden Schritt wieder zu einem Gesamtergebnis zusammen. L&auml;sst sich das Ursprungsproblem nicht in unabh&auml;ngige Teilprobleme aufteilen, kommen meistens Multiprozessorsysteme zum Einsatz, bei denen Techniken der Parallelprogrammierung zum Einsatz kommen. Anhand vorhandener (open-source) Softwareframeworks und vorhandener Hardware (PC-Cluster mit 30x8 Kernen + weitere ca. 50 grid Knoten, Sonys Playstation 3 mit Cell/BE Prozessor, Grafikkarte mit 128 Kernen) sollen Algorithmen aus der Bioinformatik ausgesucht und f&uuml;r das Zielsystem (Grid oder Multiprozessorsystem) programmiert werden. Das Praktikum ist so gestaltet, dass es bis Ende Mai abgeschlossen werden kann, damit die Teilnehmer noch ausreichend Zeit f&uuml;r die Anfertigung ihrer Bachelorarbeit haben. Das Begleitseminar findet als Blockkurs statt und muss von allen Teilnehmern des Praktikums belegt werden. Diese Veranstaltung richtet sich an Bachelor oder Master Studierende der Bioinformatik. Die Projekte k&ouml;nnen als Bachelor- oder Masterarbeiten weitergef&uuml;hrt werden. Zielgruppe Bachelor und Master Studierende ab dem 5. Semester Voraussetzungen Gute Kenntnisse in Java oder C/C++.</p>

Modules

Submodules for Projektmanagement im Softwarebereich: (Verteiltes Rechnen und Parallelprogrammierung)

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Projektmanagement im Softwarebereich: (Verteiltes Rechnen und Parallelprogrammierung)

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