In diesem Softwareprojekt arbeiten wir mit verschiedenen ML-basierten Methoden für Vorhersagen für konkrete Fragestellungen aus der Biologie, wie zum Beispiel die Vorhersage der Wirkung von Medikamenten oder die Entwicklung von Infektionszahlen. Dabei liegt der Fokus explizit auf der Entwicklung, Implementierung und Evaluation des methodischen Frameworks und weniger auf der Vorbereitung der Daten.
Die Programmiersprache ist Python, und wir planen die Verwendung von modernen Python-Modulen für ML wie PyTorch oder ggf. JAX. Gute Python-Kenntnisse sind Voraussetzung. Das Softwareprojekt findet semesterbegleitend statt und kann auch auf Englisch durchgeführt werden.
Relevant resources
All the resources below are highly relevant, but if this is your first time being exposed to neural differential equations you should focus on the underlined items.
Theory
Neural Controlled Differential Equations for Irregular Time Series, https://arxiv.org/abs/2005.08926
Neural Controlled Differential Equations for Online Prediction Tasks, https://arxiv.org/abs/2106.11028
Neural SDEs:
Stable Neural Stochastic Differential Equations in Analyzing Irregular Time Series Data, https://openreview.net/forum?id=4VIgNuQ1pY
Scalable Gradients for Stochastic Differential Equations, https://arxiv.org/abs/2001.01328
Software
Neural differential equations = differential equations + Neural networks. We will be using Diffrax for differential equations and Equinox for neural networks, all written in JAX.
JAX: https://docs.jax.dev/en/latest/notebooks/thinking_in_jax.html
Diffrax: https://docs.kidger.site/diffrax/
Equinox for Neural networks: https://docs.kidger.site/equinox/
| Course No | Course Type | Hours |
|---|---|---|
| 19334212 | Projektseminar | 2 |
| Time Span | 14.10.2025 - 10.02.2026 |
|---|---|
| Instructors |
Katharina Baum
Pascal Iversen
|
| 0086c_k150 | 2014, BSc Informatik (Mono), 150 LPs |
| 0086d_k135 | 2014, BSc Informatik (Mono), 135 LPs |
| 0087d_k90 | 2015, BSc Informatik (Kombi), 90 LPs |
| 0088d_m60 | 2015, MSc Informatik (Kombi), 60 LPs |
| 0089c_MA120 | 2014, MSc Informatik (Mono), 120 LPs |
| 0159c_m30 | 2014, ABV Informatik, 30 LPs |
| 0159d_m30 | 2023, ABV Informatik, 30LPs |
| 0207b_m37 | 2015, MSc Informatik (Lehramt), 37 LPs |
| 0208b_m42 | 2015, MSc Informatik (Lehramt), 42 LPs |
| 0458a_m37 | 2015, MSc Informatik (Lehramt), 37 LPs |
| 0471a_m42 | 2015, MSc Informatik (Lehramt), 42 LPs |
| 0511a_m72 | 2016, MSc Informatik (Lehramt), 72 LPs |
| 0511b_m72 | 2019, M-Ed Fach 2 Informatik (Lehramt an Gymnasien - Quereinstieg), 72 LP |
| 0556a_m37 | 2018, M-Ed Fach 1 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 37 LPs |
| 0556b_m37 | 2023, M-Ed Informatik Fach 1 (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 37 LP |
| 0557a_m42 | 2018, M-Ed Fach 2 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 42 LPs |
| 0557b_m42 | 2023, M-Ed Informatik Fach 2 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 42 LPs |
| 0590a_MA120 | 2019, MSc Data Science, 120 LP |
| 0590b_MA120 | 2021, MSc Data Science, 120 LP |
| Day | Time | Location | Details |
|---|---|---|---|
| Tuesday | 16-18 | T9/046 Seminarraum | 2025-10-14 - 2026-02-10 |