Machine Learning in Bioinformatics S23
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Description

Dieser Kurs führt Schlüsselkonzepte des maschinellen Lernens ein und wird von Tutorien und Übungsaufgaben begleitet, in denen Methoden des maschinellen Lernens auf aktuelle Probleme der Bioinformatik angewendet werden. Nach einer kurzen Wiederholung der Wahrscheinlichkeitstheorie stellen wir probabilistische Methoden zur Klassifikation und Sequenzanalyse vor (Naive Bayes, Mixture Models, Hidden Markov Models). Wir diskutieren die Erwartungs-Maximierung (EM) aus probabilistischer Perspektive und verwenden sie für die Sequenzanalyse. Lineare und logistische Regression dienen als Einstiegspunkt für komplexere Methoden des maschinellen Lernens, einschließlich Kernel-Methoden und neuronale Netze. Die Vorlesung behandelt mehrere neuronale Netzwerkarchitekturen (CNNs, GNN, Transformers), die derzeit in der Bioinformatik-Community und anderen Forschungsbereichen verwendet werden. In den Tutorien und im Rahmen von Übungsaufgaben werden ausgewählte Machine-Learning-Modelle mit scikit-learn und pytorch in Python implementiert. Der Kurs soll es den Studierenden ermöglichen, alle gängigen Techniken des maschinellen Lernens zu verstehen und State-of-the-Art-Klassifizierungsstrategien zu entwickeln, die dann auf Probleme in der Bioinformatik und verwandten Bereichen angewendet werden können.
 
Inhalte:
- Naive Bayes
- Clustering und Mixture Models
- Hidden Markov Models
- Regression und Partial Least Squares
- Kernel Methods
- Neural Networks und Architekturen
- Regularization und Model Selection
 
Voraussetzungen:
- Lineare Algebra (einfache Vector- and Matrixalgebra)
- Analysis (mathematische Optimierung, Lagrange)
- Programmierkenntnisse in Python -- einschließlich objektorientierte Programmierung
- Grundlegende Kenntnisse oder starkes Interesse in molekularer Biologie und Anwendungen in der Bioinformatik
Basic Course Info

Course No Course Type Hours
19405701 Vorlesung 2
19405702 Übung 2

Time Span 17.04.2023 - 09.10.2023
Instructors
Philipp Florian Benner
Alexander Karl Kister
Hugues Richard
Kristin Vogel

Study Regulation

0262c_MA120 2019 (ÄO 2021), MA Bioninformatik (Mono), 120 LP
0590a_MA120 2019, MSc Data Science, 120 LP
0590b_MA120 2021, MSc Data Science, 120 LP

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Main Events

Day Time Location Details
Monday  8-10 T9/049 Seminarraum 2023-04-17 - 2023-07-17

Accompanying Events

Day Time Location Details
Wednesday  8-10 T9/049 Seminarraum Übung 01

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Most Recent Announcement

2023-04-14:  First Lecture on 17.04 @ 8:30am

Welcome to the Machine Learning in Bioinformatics course,

The first session of the course, will take place on 17.04 with an introductory lecture, followed by a few refreshers on probability and statistics.
The following weeks will proceed as planned (lectures on Monday and tutorials on Wednesday)

The course starts at 8:30am and will take place at the seminar room T9/049 in Takustr. 9.

Looking forward to meet you on Monday,

Hugues Richard and Philipp Benner



Published by: Philipp Florian Benner
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