Graph-neural networks in the life sciences and beyond W24/25
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Description

Achtung: ab dem 12.11.24 sind wir im T9/K040.

Komplexe Daten lassen sich oft auf natürliche Weise als Graphen modellieren. Graphen oder Netzwerke beschreiben die Interaktion zwischen Objekten und sind ein wirksames Instrument zur Darstellung von Systemen in vielen Anwendungen. Graphneuronale Netze sind neuronale Netze, die Graphstrukturen direkt verarbeiten, und haben sich in letzter Zeit als leistungsfähiges Werkzeug zur Analyse von Netzwerken und zur Vorhersage von Eigenschaften von Knoten und Verbindungen erwiesen.

Dieses Seminar bietet eine eingehende Untersuchung von Graph Neural Networks (GNNs) und deren Anwendungen in verschiedenen Bereichen, mit besonderem Schwerpunkt auf den Biowissenschaften und der Biomedizin. Wir werden zunächst die grundlegenden Konzepte und Architekturen von GNNs erörtern, darunter Graph Convolutional Networks (GCNs) und Graph Attention Networks (GATs). Zu den besprochenen Anwendungen gehören Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke, Pharmaforschung und personalisierte Medizin. Die Studierenden werden Forschungsarbeiten lesen und präsentieren und an kritischen Diskussionen teilnehmen.

Die Sprache dieses Seminars ist Englisch. Die Studierenden sind ermutigt, auf Englisch zu präsentieren und zu diskutieren, aber Beiträge auf Deutsch sind auch möglich.


 

Agenda

Date Speaker Topic
15.10 Pascal Intro
22.10   Topic Assignment
29.10   Break
05.11 Nathan Ritter Neural Networks
12.11 Baptiste Roizard A Gentle Introduction to Graph Neural Networks
19.11 Andor Kristen Understanding Convolutions on Graphs
26.11 Helena Waldorf Graph Attention Networks
03.12 Konrad Köllmer Fast Graph Representation Learning with PyTorch Geometric
10.12 Jakub Liu GNNExplainer: Generating Explanations for Graph Neural Networks
17.12 None Canceled
24.12 None Holidays
31.12 None Holidays
07.01 Elina Samid Modeling polypharmacy side effects with graph convolutional networks
14.01 Max Alcer GraphDTA: predicting drug–target binding affinity with graph neural networks
21.01 Jessica Wong Fake news detection on social media using geometric deep learning
28.01 Sara Sheik Functional connectivity signatures of major depressive disorder
04.02 Gal·la Daviu ETA Prediction with Graph Neural Networks in Google Maps
11.02 TBA/None TBA/None
     

 

Basic Course Info

Course No Course Type Hours
19336717 Seminar/Proseminar 2

Time Span 15.10.2024 - 18.02.2025
Instructors
Katharina Baum
Pauline Hiort
Pascal Iversen

Study Regulation

0086c_k150 2014, BSc Informatik (Mono), 150 LPs
0086d_k135 2014, BSc Informatik (Mono), 135 LPs
0087d_k90 2015, BSc Informatik (Kombi), 90 LPs
0088d_m60 2015, MSc Informatik (Kombi), 60 LPs
0089c_MA120 2014, MSc Informatik (Mono), 120 LPs
0207b_m37 2015, MSc Informatik (Lehramt), 37 LPs
0208b_m42 2015, MSc Informatik (Lehramt), 42 LPs
0262c_MA120 2019 (ÄO 2021), MA Bioninformatik (Mono), 120 LP
0458a_m37 2015, MSc Informatik (Lehramt), 37 LPs
0471a_m42 2015, MSc Informatik (Lehramt), 42 LPs
0496a_MA120 2016, MSc Computational Science (Mono), 120 LPs
0556a_m37 2018, M-Ed Fach 1 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 37 LPs
0556b_m37 2023, M-Ed Informatik Fach 1 (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 37 LP
0557a_m42 2018, M-Ed Fach 2 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 42 LPs
0557b_m42 2023, M-Ed Informatik Fach 2 Informatik (Lehramt an Integrierten Sekundarschulen und Gymnasien), 42 LPs
0590b_MA120 2021, MSc Data Science, 120 LP

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Main Events

Day Time Location Details
Tuesday 12-14 T9/K40 Multimediaraum 2024-11-12 - 2025-02-18
Tuesday 12-14 A6/SR 009 Seminarraum 2024-10-15 - 2024-11-05

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