Forschungsseminar der Arbeitsgruppe Datenintegration in den Lebenswissenschaften (Data Integration in the Life Sciences, DILiS). Auch offen für Seminarteilnahmen im Masterstudium.

Wir starten um 14:00 s.t.

Einwahl für das hybride Setting: https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin/j.php?MTID=m458617e952766b0c6ac964f9eda39686

Seminarraum vor Ort: A6 108/109


Das Seminar bietet Raum für die Diskussion weiterführender und integrativer Datenanalysetechniken, insbesondere Vorträge und Diskussion von laufenden oder geplanten Forschungsprojekten, Neuigkeiten von Konferenzen, Besprechung aktueller Literatur und Diskussion möglicher zukünftiger Lehrformate und -inhalte, und Vorstellungen, sowie Abschlussvorträge zu Abschlussarbeiten oder Projektseminaren. Die Seminarsprache ist weitestgehend Englisch. Gern können interessierte Studierende teilnehmen und unverbindlich vorbeischauen oder ein selbst gewähltes Thema von Interesse für die Arbeitsgruppe vorstellen - bitte kontaktieren Sie mich (katharina.baum@fu-berlin.de) mit Themenvorschlägen. Achtung: Einzelne Termine können ausfallen oder verschoben werden.

 

Geplante Agenda
Date Speaker Topic
18.10.2023 Katharina Baum Introduction of the research at Data Integration in the Life Sciences; guidelines on participating in the seminar
25.10.2023 cancelled  
1.11.2023 Georg von Arnim Masterthesis: Knowledge graphs and drug prediction
8.11.2023 cancelled  
15.11.2023 cancelled  
22.11.2023 DILiS moved to 23.11.2023; Teaching planning for summer semester
29.11.2023 Flavio Morelli PhD Project, Bayer: Self-supervised vision transformers for image-based drug discovery
06.12.2023 DILiS

Discussing web representation
13.12.2023 DILiS Discussing Conferences
20.12.2023 DILiS Discussing paper: https://doi.org/10.1038/s41597-023-01960-3
27.12.2023 - Christmas break
03.01.2024 - Christmas break
10.01.2024 DILiS Softwareproject planning
17.01.2024 Tobias Master thesis preliminary results
24.01.2024 Jonathan Practice talk
31.01.2024 TBD TBD
07.02.2024 TBD TBD
13.02.2024
auf Di verschoben		 Emaunel PhD thesis

 

 

Ideas for literature to discuss:
- [very very biological] alternative splicing and its effects on PPI
publications: Karakulak et al. 2023 https://doi.org/10.1093/bioadv/vbad050, Louadi et al. 2022 https://doi.org/10.1002/9783527830503.ch16

- Deist et al 2019, Simulation-assisted machine learning. OUP Bioinformatics. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz199. The authors propose to perform coarse-grained simulations with an ODE model to assess similarity between samples for ML-based prediction. Application in drug prediction with pharmacokinetic models.