In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.
In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.
Das "Praktikum: Algorithmen und Datenstrukturen" (19401330) ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!
Es werden zwei Reviews geschrieben (eine während der Übungszeit, eine während der Vorlesung). In diesen wird das Verständnis der Inhalte der Übungen überprüft.
Um die aktive Teilnahme zu bestehen müssen Sie:
- mindestens ein Kahoot für Ihr Tutorium erstellen
- 75% der Aufgaben erkennbar bearbeitet haben
- In den beiden Reviews insgesamt 50% der Punkte erreichen
Die Übungszettel werden spätestens Mittwoch vor der relevanten VL Donnerstags hochgeladen.
Die Besprechung ist in der darauffolgenden Woche und die Abgabe eine Woche später um 12 Uhr in Zweiergruppen im KVV.
Videos und Skripte von letztem Jahr und diesem sind in einem Nextcloud Ordner HIER.
| Datum | Inhalt |
|---|---|
| 19.10. | Exaktes String Matching I |
| 26.10. | Exaktes String Matching II |
| 02.11. | Sequenzalignment I |
| 09.11. | Sequenzalignment II |
| 16.11 | Filtering und Alignment Heuristics I (Fasta) |
| 23.11. | Filtering und Alignment Heuristics II (Filter) |
| 30.12. | Filtering und Alignment Heuristics III (Blast) |
| 07.12 | Multiples Alignment I |
| 14.12. | Multiples Alignment II |
| 21.12. | Formale Sprachen I |
| 11.01. | Formale Sprachen II |
| 18.01. | HMMs I |
| 25.01. | HMMs II |
| 01.02. | Review II |
| 08.02. | Buffer/Wiederholung |
| 22.02 | Klausur (SR 005) |
Kontakt
Jannilk Dubrau, annid03@zedat.fu-berlin.de
Carina Fischer, carif01@zedat.fu-berlin.de
Simon Hoyer, simoh00@zedat.fu-berlin.de
Literatur
Generelle Bücher/Basic reading:
- Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
- R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3 (PDF Version online)
- David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
- Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4