Ziel der LV:

Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.

 

Preliminary Agenda

10.04. Introduction, KNIME I
17.04. KNIME II
24.04. Simple NGS pipelines with KNIME
08.05. Generating generic KNIME nodes
15.05. Simple NGS pipelines with KNIME II
22.05. Introduction Snakemake
29.05 Advanced Snakemake
05.06. Sequence analysis pipelines in Snakemake I
12.06. Sequence analysis pipelines in Snakemake II
19.06. Sequence analysis pipelines in Snakemake III
26.06. Group project
03.07. Group project II
12.07. Presentation group project