In der Vorlesung werde folgende Inhalte behandelt:
Multiples Sequenzalignment, formale Sprachen und HMMs, Motifsuche, Der FM-index, Algoirthmen zur RNA Analyse, Proteomics.
In den Übungen werden die erarbeitenen Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.
Die Vorlesung wird von Prof. Dr. Katharina Jahn, Prof. Dr. Martin Vingron und Dr. Martin Hölzer gehalten werden. Die Vorlesung baut auf Algorithmische Bioinformatik I aus dem 3. Semester auf. Die Beherrschung des Stoffes wird vorausgesetzt, bitte vor dem Anfang der Vorlesung wiederholen.
Skripte und Videos aus der ehemaligen Algorithmischen Bioinformatik, die den Stoff dieser Veranstaltung abdecken, finden sie hier.
News
Die Tutorien finden erst ab der zweiten Vorlesungswoche statt.
Tutorien
Um die aktive und regelmäßige Teilnahme für die Übung zu bestehen müssen Sie:
- In den Übungen mindestens einmal vorrechnen.
- 75% der Aufgaben erkennbar und selbstständig bearbeitet haben (in Zweiergruppen).
- In den Reviews insgesamt 50% der Punkte erreichen.
| Date | Topic | Lecturer |
|---|---|---|
| 25.04. | Multiples Sequenzalignment 1 | Jahn |
| 02.05. | Multiples Sequenzalignment 2 | Jahn |
| 09.05. | Motifsuche | Vingron |
| 16.05. | BWT | Vingron |
| 23.05. | Formale Sprachen | Jahn |
| 30.05. | Review | |
| 06.06. | Formale Sprachen | Jahn |
| 13.06. | Hidden Markov Models 1 | Vingron |
| 20.06. | Hidden Markov Models 2 | Vingron |
| 27.06. | RNA 1 | Hölzer |
| 04.07 | RNA 2 | Hölzer |
| 08.07 | Review 2 - (zur Tutoriumszeit 16-18 Uhr) | |
| 11.07. | Proteomics 1 | Hölzer |
| 18.07. | Proteomics 2 | Hölzer |
| 25.07. | Klausur |