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Algorithmen und Datenstrukturen

LV: 19400001

a.SAP verarbeitet

2 SWS

Knut Reinert

Vorlesung

Akt: 21.03.2024 12:23

Do, 12:00 - 14:00 (T9/SR 005 Übungsraum)

Beschreibung

In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Das "Praktikum: Algorithmen und Datenstrukturen" (19401330) ist dieser Lehrveranstaltung angegliedert. Bitte informieren Sie sich auch auf der dortigen Seite!

Literatur

Generelle Bücher/Basic reading:

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  • David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4

Zusätzliche Termine

Klausur: Algorithmen und Datenstrukturen

T9/SR 005 Übungsraum

Knut Reinert

22.02.2024 12:00 - 14:00

Nachklausur: Algorithmen und Datenstrukturen

T9/SR 005 Übungsraum

Knut Reinert

11.04.2024 10:00 - 12:00

Terminserien

T9/SR 005 Übungsraum

Knut Reinert

wöchentlich, ab 19.10.2023, 12:00 - 14:00 (16 Termine)