Vergleiche

Unterschiede

Feld Evento Lehrplanung Operationen
Dozent Kein Eintrag

Tom Burgert

a.SAP verarbeitet Angewandte Sequenzanalyse (19400313)

Feld Evento Lehrplanung Operationen
Beschreibung <div title="Page 14"> <div> <div> <div> <h3>Ziel der LV:</h3> <p>Die Studentinnen und Studenten ko¨nnen Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbsta¨ndig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewa¨hlte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten ko¨nnen neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.&nbsp;</p> </div> </div> </div> </div> <div title="Page 14"> <div> <div> <div> <h3>Ziel der LV:</h3> <p>Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.&nbsp;</p> </div> </div> </div> </div>

a.Erneut änderbar Forschungspraktikum Bioinformatik (19400432)

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Dozent Kein Eintrag

Rosario Piro

Dorothee Günzel

Susanna Röblitz

Robert Preissner

Heike Siebert

Frank Noe

Bernhard Renard

Tim Conrad

Priyanka Banerjee

Alexander Bockmayr

Annalisa Marsico

Martin Vingron

Knut Reinert

Andrea Volkamer

Camila Mazzoni

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Dozent Kein Eintrag

Knut Reinert

a.SAP verarbeitet Projektmanagement im Softwarebereich (SeqAn) (19401513)

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Englische Beschreibung <p>See German text version.</p> <h3>Content:</h3> In this internship algorithms for sequence analysis are implemented in the SeqAn software library, which is currently being developed in our research group. The contributions are graded on the basis of a written project report. The same module includes an accompanying seminar, which must also be attended by the participants of the internship. Target group: <p>This course is aimed at students of bioinformatics. The internships are awarded via a special registration procedure via the Bioinformatics Study Office (Ulrike Seyferth). Interested computer science students are treated subordinated.</p> <h3>Requirements:</h3> <p>Good knowledge in C/C++.</p> <p>Information on the software internship can be found on the <a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/abv/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p>
Dozent

Hannes Hauswedell

Hannes Hauswedell

Knut Reinert

a.SAP verarbeitet Sequenzanalyse (19401601)

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Beschreibung <p><strong>Ziele:</strong></p> <p>Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Versta¨ndnis fu¨r grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und ko¨nnen wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einscha¨tzen.</p> <p>Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:</p> <ul> <li>Paradigmen fu¨r approximative, semiglobale Alignments (read mapping)</li> <li>Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung</li> <li>Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)</li> <li>Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten</li> </ul> <p>Alle weiteren Informationen im KVV: <a href="https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/">https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/</a></p> <p><strong>Ziele:</strong></p> <p>Die Studentinnen und Studenten erlangen ein tieferes Verständnis für grundlegende algorithmische Konzepte im Bereich der Analyse genomischer Sequenzen vor dem Hintergrund aktueller Forschungsrichtungen der Bioinformatik und Biotechnologie. Sie verstehen verschiedene Paradigmen zur approximativen Suche, sie wissen, unter welchen Voraussetzungen bestimmte Algorithmen anderen vorzuziehen sind, und können wissenschaftliche Publikationen auf dem Gebiet entsprechend einschätzen.</p> <p>Es werden vertieft Themen aus beispielsweise folgenden Gebieten behandelt:</p> <ul> <li>Paradigmen für approximative, semiglobale Alignments (read mapping)</li> <li>Methoden zur Genomassemblierung und Metagenomassemblierung</li> <li>Methoden zum Bestimmen genetischer Variationen (SNVs, SNPs, CNVs)</li> <li>Algorithmische Probleme bei der Quantifizierung mit Hilfe von NGS Daten</li> </ul> <p>Alle weiteren Informationen im KVV: <a href="https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/">https://kvv.imp.fu-berlin.de/portal/</a></p>

a.SAP verarbeitet Mathematik für Bioinformatiker II (19402201)

Feld Evento Lehrplanung Operationen
Submodul

0260cA2.2.1

0521aA2.4.1

0260cA.2.2.1

a.SAP verarbeitet Übung zu Mathematik für Bioinformatiker II (19402202)

Feld Evento Lehrplanung Operationen
Submodul

0260cA2.2.2

0521aA2.4.2

0260cA.2.2.2

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Dozent

Frank Noe

Frank Noe

Christoph Wehmeyer

a.SAP verarbeitet Berufspraktikum für Bioinformatik (19402433)

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Dozent Kein Eintrag

Robert Preissner

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Dozent Kein Eintrag

Alena van Bömmel

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Beschreibung <p><strong>Integrative analysis of next generation sequencing (NGS) data</strong><br /> One of the research questions in bioinformatics and regulatory genomics is to understand the principles of transcriptional regulation. Transcription factors are the main players of gene regulation. Another aspect accounts for the open chromatin which enables the binding of the transcription factors and the RNA Polymerase II. There are several experimental techniques which can determine the interaction of the regulatory proteins and the DNA, such as ChIP-seq. Combinatorical analysis of several experiments help us to understand the interplay of all these factors on regulatory elements in the genome. We will analyze ChIP-seq and RNA-seq data in various cell lines to model the TF binding and histone modifications across the genome with respect to gene expression of the neighbouring genes. Afterwards, we develop a statistical method to combine these data in an appropriate way. We will use both implemented tools and our own scripts to obtain suitable results. Students will work in groups of 3 and present their work at the end of the seminar.</p> <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.</p> <p><strong>Integrative Analyse von Next Generation Sequencing (NGS) Daten</strong><br /> Eine der Forschungsfragen in der Bioinformatik und der regulatorischen Genomik ist es, die Prinzipien der transkriptionellen Regulation zu verstehen. Transkriptionsfaktoren sind die Hauptakteure der Genregulation. Ein weiterer Aspekt ist das offene Chromatin, das die Bindung der Transkriptionsfaktoren und der RNA-Polymerase II erm&ouml;glicht. Es gibt verschiedene experimentelle Techniken, die die Wechselwirkung zwischen den regulatorischen Proteinen und der DNA bestimmen k&ouml;nnen, wie z.B. ChIP-seq. Die kombinatorische Analyse mehrerer Experimente hilft uns, das Zusammenspiel all dieser Faktoren auf regulatorische Elemente im Genom zu verstehen. Wir werden ChIP-seq- und RNA-seq-Daten in verschiedenen Zelllinien analysieren, um die TF-Bindung und Histonmodifikationen im gesamten Genom in Bezug auf die Genexpression der benachbarten Gene zu modellieren. Anschlie&szlig;end entwickeln wir eine statistische Methode, um diese Daten in geeigneter Weise zu kombinieren. Wir verwenden sowohl implementierte Tools als auch eigene Skripte, um geeignete Ergebnisse zu erzielen. Die Studierenden arbeiten in 3er Gruppen und pr&auml;sentieren ihre Arbeiten am Ende des Seminars.</p> <p>Informationen zum Softwarepraktikum befinden sich auf der Homepage des Studiengangs Bioinformatik.</p>
Dozent Kein Eintrag

Alena van Bömmel

Englische zusätzliche Informationen <p>See German text version.</p> <p>The allocation of seats takes place every year in February.</p>
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Dozent Kein Eintrag

Sandro Andreotti

a.SAP verarbeitet Projektmanagement im Softwarebereich (OpenMS) (19403413)

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Englische zusätzliche Informationen <p>See German text version.</p> <p>The distribution of places takes place every year in February.</p>

a.Publiziert Mentoring Bioinformatik (19404146)

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Dozent Kein Eintrag

Ulrike Seyferth

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Englische Beschreibung <p>See German text version.</p> <p>Information on the software internship can be found at&nbsp;<a href="http://www.mi.fu-berlin.de/bioinf/stud/bachelor/projektmanagement/index.html">Bioinformatics homepage</a>.</p> <p>In this internship realistic workflows&nbsp;for the analysis of biological data are designed and implemented. The participants will get to know and use different workflow systems (KNIME, Snakemake). The participants will develop, test and refine their workflows on the basis of current literature. Knowledge in the context of workflow programming as well as extensive knowledge of existing bioinformatics software is acquired. Good knowledge of scripting languages (Python) and R is required.</p>
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SAP Titel Investig. RNA structurome Investigating RNA structurome
Dozent Kein Eintrag

Irmtraud Meyer

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Dozent Kein Eintrag

Irmtraud Meyer

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Dozent Kein Eintrag

Irmtraud Meyer

Noch nicht publizierte Kurse

Status LV Kursname
a.Erneut änderbar 19400432 Forschungspraktikum Bioinformatik

In Evento fehlende Veranstaltungen

LV Kursname
19000170 Absolventenfeier

In Evento Fehlende Begleitveranstaltungen

LV Kursname

Im Lehrplanungssystem fehlende Veranstaltungen

Status LV Kursname
a.Absage verarbeitet 19404711 Cancer Bioinformatics
a.Publiziert 19000070 Absolventenfeier am 20.07.2018